La découverte d'une ville inconnue amène les autorités de la Terre à la découverte d'une nouvelle destination par la porte des étoiles. Une nouvelle équipe est constituée : Atlantis. Celle-ci se retrouve bientôt projetée dans la galaxie de Pégase, sans une possibilité immédiate de revenir en arrière. Les humains découvrent également une race très étrange et dangereuse, les Wraith, qui ont juré l'anéantissement de toute forme de vie...