LEGO Marvel Super Heroes présente une histoire originale traversant tout l'univers Marvel. Les joueurs prennent le contrôle d'Iron Man, Spider-Man, Hulk, Captain America, Wolverine et bien d'autres personnages de Marvel alors qu'ils s'unissent pour empêcher Loki et une foule d'autres méchants de Marvel d'assembler une super-arme capable de détruire le monde. Les joueurs poursuivront Cosmic Bricks alors qu'ils voyageront à travers LEGO Manhattan et visiteront des lieux clés de l'univers Marvel...