Shuto Katsuragi est un garçon de 15 ans qui rêve de devenir un super-héros. Mais à cause de sa petite taille, personne ne prend son rêve au sérieux. Amadoué par la compréhension que lui montre une camarade de classe, Mirea, Shuto va se faire piéger. Enlevé, drogué et mis face à une situation de crise, Shuto signe un contrat pour utiliser un appareil qui lui permet de se transformer en super-héros. Ou du moins c’est ce qu’on lui a fait croire. Car en fait, il est devenu membre d’une association de malfaiteur, Jackal, en signant ce contrat et le « super-héros » qu’il est devenu n’est autre qu’un prototype de « Dark hero » nommé « RATMAN ». N’ayant pas d’autre choix que de suivre les ordres de sa supérieure, il se retrouve confronté à de « vrais » super-héros. Mais rapidement, Shuto va s’apercevoir que tous les héros n’exercent pas leurs métiers pour défendre la justice. Certains font cela par profit, considérant le métier comme du pur business. Doublement contrarié de faire à présent partie des « méchants » et d’apprendre que les héros ne sont pas tous conformes à son idéal, Shuto va tout faire pour rester fidèle à ses convictions : agir de manière désintéressée pour le bien d’autrui, selon des principes immuables de justice.